Война не отменяет высшего человеческого счастья и главного смысла жизни – рождение детей. Но в военные годы охрана материнства и младенчества из врачебного долга превращается в подвиг. В Свердловской области вследствие масссовой эвакуации людей из западных районов СССР резко возросло население. Скученность в местах проживания, голод, холод, дефицит лекарств во многом поставили под угрозу жизнь и здоровье беременных женщин и новорожденных.
Институт охраны материнства и младенчества, ведущий свое начало от первого родильного дома и Повивально-гинекологического института, к 1941 году имел большую клиническую базу: амбулаторию, лаборатории физиологическую, химическую, бактериологическую, патологическую, биохимическую лаборатории. В главном корпусе открывается детская клиника (стационар для больного ребенка). Организуется оргметодотдел для координации с областными учреждениями.
За годы войны стационарную помощь в связи с беременностью и родами получили около 30000 женщин, родилось более 18800 новорожденных, было проведено более 2500 сложных операций, амбулаторная помощь оказана 8000 женщин.
Научная работа НИИ ОММ в годы войны тоже не останавливалась, коллектив был дополнен специалистами из Москвы и Ленинграда. В 1941 году была открыта самостоятельная клиника новорожденных, которую возглавил Гаврилов Константин Павлович. В 1943 году Гаврилов К.П. написал учебник "Об особенностях развития детей периода новорожденности" (актуален до настоящего времени). Научные исследования продолжались по актуальным вопросам лечения септических послеродовых заболеваний с применением сульфидина, синтезированного учеными Уральского индустриального института.
Все военные годы институтом руководил Самуил Павлович Левин. Здесь работали выдающиеся врачи-ученые А.М. Новиков, А.Ю. Лурье, В.Г. Перетц, К.П. Гаврилов, И.И. Яковлев, В.А. Завьялов.